Taksiyarhis Kilisesi, Alibey (Cunda) Adası Rum Ortodoks (Moschonese) cemaati tarafından eski temelleri üzerine Anakent (Metropol) Kilisesi olarak yaptırılmıştır. Yapıldığı yıllarda Cunda Adası'nın çoğunluğu Rum olup, Rum nüfus yaklaşık 8.000-10.000 civarındaydı. Kilise, 'Taksiyarhis'e, yani Koruyucu Baş Melekler Cebrail ve Mikhail'e atfedilmiştir. Halen Cunda Adası'nın en önemli anıt yapısını teşkil etmektedir.
1927-1928 yıllarında, kilise binası, minaresiz bir camiye çevrilmiştir. Sonraki dönemlerde bir süre metruk bir şekilde durmuş, daha sonra "korunması gerekli taşınmaz kültür varlığı olarak tescillenmiş ve uzun bir müddet geçici önlemlerle korunmuştur. 2011 yılında Rahmi M. Koç Müzecilik ve Kültür Vakfı'na tahsis edilen kilise binasının restorasyonu gerçekleştirilmiş ve bugünkü halini almıştır.